Se han encontrado numerosos vestigios que nos dan información sobre la historia de Hontanares.

El hallazgo de algunas piedras de granito trabajadas para formar una suerte de mortero para moler granos nos hace suponer que entre 4.000 y 7.000 años a. C. ya existía un asentamiento cercano a donde se encuentra actualmente el municipio.

Posteriormente, en la iglesia se encontraron lápidas de piedra caliza con inscripciones en latín que datan de los s. III y s. IV, aunque, desgraciadamente, ya no es posible encontrarlas, dado que fueron cubiertas con hormigón y terrazo.

En la localización del antiguo cementerio (junto a la carretera de Los Huertos), se halló un importante yacimiento arqueológico, perteneciente a la época tardo-románica y el período visigodo. Cerca de la antigua estación de Ferrocarril se han encontrado gran cantidad de tejas y cerámica que podían pertenecer a los árabes que se asentaron en la zona, antes de su expulsión en 1492.​

A mediados del siglo XIX, el lugar tenía una población de 147 habitantes.​ La localidad aparece descrita en el noveno volumen del Diccionario geográfico-estadístico-histórico de España y sus posesiones de Ultramar de Pascual Madoz de la siguiente manera:

Hasta el siglo XIX se llamó solamente Hontanares. En 1247 se llamaba «Fontanares», lugar donde nacen los pozos artesanos, fuentes, manantiales, etc. De «fontana acqua», fuente de agua, en latin vulgar se abrevió a «fontana», fuente.

Al lado del río que le da apellido y en un valle formado por este curso fluvial, el nombre del pueblo procede de la abundancia de manantiales de los que  brotaban al menos una decena de fuentes potables para el consumo humano y animal como, Fuente Real del Caño, de los chorros, del Chopo, Bones de Valdesanchas, del Aguapreñal, de los Horcajos, Valhondo, del Cura, del Regajo, o Tabanera.

Junto al casco urbano se encuentra el trazado de la vieja vía férrea entre Segovia y Medina del Campo,  donde existió apeadero y, en donde a día de hoy se ha convertido en la Vía Verde, un lugar muy utilizado para paseos tanto en bici como caminando. El nuevo corredor se encuentra más alejado de este pequeño pueblo del que son característicos los judiones que se cultivan en las riberas del río.

En este pueblo se escribió 'La alcaldesa de Hontanares', ambientada en el pueblo y en el contexto de la fiesta de Santa Águeda, una tradición de la región. La escribieron en 1917 los dramaturgos José Rincón Lazcano y Eduardo Montesinos y con la que se inauguró en 1919 el teatro Juan Bravo de Segovia. 

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Tiene al noreste a Valseca a 3,6 km; Segovia al sureste; Valverde del Majano a 5 km al suroeste; Garcillán al oeste a 9,1 km y al norte Los Huertos a 3,5 km.

Situado a tan solo 12 kilómetros de Segovia ha visto incrementar su población de 173 habitantes en 2001 a los actuales 1.476, lo cual ha supuesto una profunda transformación en el municipio pues al núcleo urbano más antiguo, se le suman dos urbanizaciones modernas con estructuras diferentes y un aumento en los servicios.