Antiguamente existió la aldea de Aragoneses, situada a un km al este/noreste en un paraje denominado Las Bajas Serias, y la aldea de Cáceres, situada a 1,4 km al este/sureste, en un alto llamado La Cabezuela; en ambos casos contaban con una parte en el término de San Cristóbal y otra parte en el del municipio vecino de Trescasas. También existió la aldea de Prozaces únicamente en el término San Cristóbal de Segovia. El municipio de San Cristóbal de Segovia  ha visto incrementada su población ostensiblemente en los últimos años, debido a su cercanía a la capital de provincia y ofrece diferentes posibilidades culturales, deportivas y de ocio para niños, jóvenes, adultos y personas mayores.

El primer documento donde aparece mencionado como Sant Christoval o Sant Xval, data del 1 de junio de 1247, considerado como un arrabal de la ciudad de Segovia. Esta referencia se encuentra en un documento del archivo de la Catedral de Segovia donde a cada canónigo se le adjudica una determinada cantidad de las rentas de cada una de las parroquias del arcedianato.

San Cristóbal fue poblada por los segovianos que tras la invasión de Segovia por los musulmanes, según Diego de Colmenares, estos huyeron a la Sierra y, al no atreverse a bajar de nuevo a la ciudad, fundaron pequeñas aldeas y arrabales ​

En la época medieval Castilla fue repoblada dos veces, la primera por el conde Fernán González y la segunda por el rey Alfonso VI de León, San Cristóbal habría surgido en la segunda cuando este rey repobló Ávila y Segovia con el objetivo de utilizar defensivamente esos lugares y especialmente el Sistema Central contra los almorávides. Con el fin de proteger los pasos de la sierra se creó una línea de defensiva.

Fue un lugar dedicado a la agricultura y a la ganadería, lo que llevó a una organización en el reparto del agua del río Cambrones. Este río nace a 1800 metros de altitud en el término de Torrecaballeros. La manera de canalizar, distribuir y repartir su agua, viene a reflejar un avanzado sistema organizativo, que contaría con una población a la vez que heterogénea, abundante. La Noble Junta de Cabezuelas daba nombre a esta unión de los distintos concejos.​

San Cristóbal contaba con una iglesia dedicada al santo que le da nombre. Sería a inicios del siglo XVIII cuando probablemente se abandonase la titularidad del santo para adquirir la advocación de Nuestra Señora del Rosario. Fue entonces cuando se fundan las cofradías de la Santa Vera Cruz y de Nuestra Señora del Rosario.​

Durante la ocupación francesa de la guerra de independencia San Cristóbal, La Lastrilla, Zamarramala y Perogordo son considerados arrabales de Segovia, y no pueblos independientes, así es como se recoge cuando se mandó realizar por los mandos franceses el primer callejero de esta ciudad, dejando fuera de este a sus arrabales dependientes.

Sería en el año 1862/63 cuando San Cristóbal fue anejada al vecino municipio de Palazuelos bajo el nombre San Cristóbal de Palazuelos.​

Durante el final del siglo XX y siendo una entidad local menor se realizaron varias peticiones a la Junta de Castilla y León pidiendo la segregación del municipio de Palazuelos de Eresma del que suponía el 50% de la población, todas rechazadas. Finalmente se realizó un referéndum no vinculante y por abrumadora mayoría se votó la independencia por lo que finalmente el 25 de noviembre de 1999, se dio permiso para la constitución del municipio independiente, con la denominación de San Cristóbal de Segovia.​ Es en la actualidad uno de los municipios más relevantes de la provincia.

San Cristóbal de Segovia tiene al sur a 2,6 km, Tabanera del Monte. Al oeste Segovia, a apenas otros 4 km. Al este Trescasas a 3,8 km.